Entre los retos que se deben superar tenemos:
1.Comprender que las preguntas de investigación se vuelven permanentes y surgen del interés, las iniciativas y las inquietudes de los actores educativos.
2.Asumir que la investigación debe producir diversos beneficios a los estudiantes: unos, en relación con la construcción de un conocimiento científico; otros, con el desarrollo de habilidades y capacidades de indagación de los sujetos.
3.Potenciar, en el joven, las capacidades cognitivas, comunicativas y sociales, con las cuales podrían explorar el mundo académico que se les presenta, hacia la búsqueda de un sentido para su vida.
4.Construir experiencias significativas para esta población, a través de estrategias pedagógicas que los vinculen como actores centrales del proceso.
5.Situar a los estudiantes de cara a la realidad de su entorno, para que puedan comprender, explicar y dar alternativas de solución a problemas naturales, sociales, económicos y culturales, con responsabilidad social y ecológica.
6.Superar las limitaciones materiales y conceptuales que tiene el docente para responder a la alta interacción que se genera con los estudiantes a través de las tecnologías de la comunicación.
7.Superar las limitaciones mismas de unos estudiantes que se enfrentan al proceso de investigación, de asumir los compromisos y de participar en la generación de conocimientos.
8.Los estudiantes son buenos investigadores en el sentido de su naturaleza juvenil e inquieta, pero el esfuerzo mayor está precisamente relacionado con lograr la motivación necesaria para asumir un ejercicio investigativo, especialmente porque el vínculo docencia-investigación no es una cuestión cotidiana en los colegios.
9.Para los profesores asumir procesos investigativos con sus estudiantes constituye un esfuerzo mayor al usual, pues el curso de los acontecimientos implica siempre estar dispuestos para reorientar continuamente los temas y las estrategias pedagógicas.